В 1972 году, по окончании химического факультета АГУ, служил в армии в звании офицера, с 1974 года работал в Институте химии присадок НАНА в должности лаборанта, инженера, в 1976 году поступил в аспирантуру, в 1981 году, успешно окончив аспирантуру и защитив диссертацию, получил ученую степень кандидата химических наук. В том же году решением Президиума был назначен на должность заместителя директора Института химии присадок. Сфера, которой непосредственно занимается Ф.Алиев, связана с синтезом новых серноорганических соединений и использованием их в качестве присадок для получения смазочных масел различного свойства.

С 1983 года является председателем Гянджинского регионального научного центра. В 1992 году, успешно защитив докторскую диссертацию, получил ученую степень доктора химических наук, в 2007 году был избран членом-корреспондентом, а в 2014 году – действительным членом НАНА. Автор около 100 научных работ, 16 научных изобретений, 5 монографий. Главный редактор выходящего в Гяндже сборника «Хаберлер». С 1996 года ученый является председателем Общества интеллигенции города Гянджа, заместителем председателя Гянджинской городской организации партии «Ени Азербайджан». В 2005 году Ф.Алиев Указом Президента Азербайджанской Республики был удостоен медали «Терегги», а в 2006 году – звания Заслуженного деятеля науки.