1919-1921-ci illərdə Aşqabad şəhərində fəhlə, 1922-26-cı illərdə isə Səttarxan zavodunda xarrat və­zi­­fəsində işləmişdir. 1926-29-cu illərdə ADU-nun nəzdindəki fəhlə fa­kül­tə­sinin tələbəsi ol­muşdur. 1932-35-ci illərdə isə Azərbaycan Sə­na­ye İnstitutunda təhsilini davam etdirərək, ora­nı kimyaçı-texnoloq ixtisası üzrə bitirmişdir. Əmək fəaliyyətinə hələ tələbə olarkən 1932-ci ildə V.Strua adına «Krekinq» zavodunda növbə mühəndisi kimi başlamışdır. 1936-1938-ci illərdə həmin zavodda baş mühəndis vəzifəsinə qədər yüksəlmişdir. 1938-1940-cı illərdə Azərbaycan Neft Emalı Elmi-Tədqiqat İnstitutunun «Krekinq» laboratoriyasına rəhbərlik etmişdir. 1940-1942-ci illərdə Azərbaycan Sənaye İnstitutunun «Neftzavod mexanikası» kafedrasında dosent vəzifəsində işləmişdir. 1940-cı ildə «Resirkulyasiya ilə krekinqdə benzin çıxımlarının tədqiqi» mövzusunda namizədlik, 1944-cü ildə isə «Texnologiyanın əsas məsələsi və krekinq prosesinin kinetikası» mövzusunda doktorluq dissertasiyasını müdafiə etmişdir. Onun çoxşaxəli elmi-tədqiqat işlərinin nəticələri 30 fundamental monoqrafiyada, 300 elmi əsərdə və müəlliflik şəhadətnaməsində öz əksini tapmışdır. O, kimya texnologiyasında sirkulyasiya proseslərinin nə­zəriyyəsini işləyib hazırlamış, neft kimyası və kimya texnologiyası sahəsində kimyəvi reaksiyaların termodinamikasını öyrənmişdir. M.F.Nağıyev bir sıra monoqrafiyaların redaktoru, 1961-1975-ci illərdə «Azərbaycan Kimya» jurnalının redaktoru, AMEA-nın məruzələri və «Neft kimyası» (Moskva) toplularının redaksiya heyətinin üzvü olmuşdur. Onun rəhbərliyi ilə 3 elmlər doktoru, 30 elmlər namizədi hazırlanmışdır. Respublikada elmin inkişafına və elmi kadrların hazırlanmasındakı xidmətlərinə görə 1956-cı ildə Azərbaycan SSR Əməkdar Elm Xadimi, 1969-cu ildə Sosialist Əməyi Qəhrəmanı adına layiq görülmüşdür. O, həmçinin Lenin, «Qırmızı Əmək Bayrağı» ordenləri, bir sıra medal və fəxri fərmanlarla təltif olunmuşdur. Akademik M.F.Nağıyevin adını əbədiləşdirmək məqsədilə yaratdığı və rəhbərlik etdiyi AMEA-nın Kimya Texnologiyasının Nəzəri Problemləri İnstitutuna (İndiki Kataliz və Qeyri-Üzvi Kimya İnstitutu) 1991-ci ildə onun adı verilmişdir.