Кафедра «Органическая химия» была создана в 1935 году. И заведующим кафедрой был назначен проф. К.А. Красуский. В 1937 году после смерти проф. К.А. Красуского кафедрой заведовали проф. В.Ф. Гурр (1937-1938), проф. М.А.Искендеров (1938-1941), дос. А.Гаджизаде (1941-1942), проф. Шамхал Мамедов (1942-1951) акад. А.М.Гулиев (1951-1960), проф. И.Г. Ализаде (1960-1965), проф. Ш.Т.Ахмедов (1965-1992), проф. М.И.Мустафаев (1992-1994), проф. М.Н.Магеррамов (1994-2001). С 2002 года ка-федрой руководит акад. А.М.Магеррамов.

Штатный персонал кафедры:

1. A.М.Магеррамов - Академик, д.х.н.  

2. И.А.Алиев - профессор, д.х.н.

3. М.М.Курбанова - профессор, д.х.н.

4. Н.Г.Шыхалиев - профессор, д.х.н.

5. У.А.Гасанова - профессор, д.х.н.

6. В.М.Исмайлов - профессор, д.х.н.

7. Н.Н.Юсубов - прфессор, д.х.н.

8. А.Т.Гусейнова - професор, д.х.н.

9. Н.Д.Садыгова - доцент, к.х.н.

10. Р.А.Гасымов - доцент, к.х.н. 

11. А.Н.Гулиев - доцент, к.х.н. 

12. З.А.Мамедова - доцент, к.х.н. 

13. Э.Ч.Алиева - доцент, к.х.н. 

14. А.Г.Рагимова - доцент, к.х.н. 

15. И.А.Мамедов - доцент, к.х.н. 

16. А.И.Исмиев - доцент, к.х.н. 

17. И.Т.Нагиева - доцент, к.х.н. 

18. У.Ф.Аскерова - доцент, к.х.н. 

19. М.А.Ахундова - доцент, к.х.н.

20.  Х.А.Каразаде - преподаватель, к.х.н.

На кафедре изданы программы по всем дисциплинам, преподаваемым бакалаврам и магистрам. Бакалавры проходят 6 дисциплин, из них по курсам «Органическая химия» (для химического и биологического факультетов), «Синтез лекарственных веществ», «Химия красителей» и «Химические основы жизнедеятельности». Изданы учебники на Азербайджанском языке. 

Магистрам преподавание ведется по двум специальностям:
«Органическая химия» и «Химия природных и физиологически активных веществ». 

Магистрам преподают 17 дисциплин, из них по курсам «Металлорганические соединения» и «Синтез лекарственных веществ» изданы учебники на Азербайджанском языке. 

Под руководством акад. А.М. Магеррамова организован научно-исследовательский центр «Тонкий органический синтез».

Кафедра имеет научные связи с Московским Государственным Университетом, Институтом Органической химии, Институтом Физиологически активных веществ (АН), Казанским Государственным Технологическим Университетом и METU (Турция). 

Впервые в Закавказье под руководством акад. А.М.Магеррамова на кафедре организованы лаборатории: ЯМР спектроскопии, Хром-масс-спектроскопии и PCA.

На кафедре по двум темам ведутся научно-исследовательские работы :
«Синтез и исследование гетероциклических соединений» и «Синтез и исследование новых представителей азот-, сера - и фосфорорганических соединений».

За последний 5 лет на кафедре защитили 9 кандидатских и 1 докторскую диссертаций.